‘De gebeurtenis’, zoals er in de film aan wordt gerefereerd, vond een jaar na het schrijven van het gros van de nummers plaats. Des te enger worden de gelijkenissen tussen tekst en realiteit. Een man die ter aarde stort, zo opent de plaat. Het lijkt een referentie aan een vliegtuigongeluk dat enkele kilometers van  Nick Caves huis gebeurde, maar je kunt de plaat niet los zien van het ongeluk van zijn zoon. De teksten lagen er dan voor een groot deel al, in de uitvoering zit een diepe laag van pijn. De meestal zo zelfverzekerde Cave lijkt op delen van 'Skeleton Tree' niet meer te bestaan. Je hoort een gebroken man, zijn stem vertwijfeld.

De apocalyptische opener 'Jesus Alone' zet meteen de toon voor het album. Duister, beklemmend. Cave spreekt meer dan hij zingt, met de teksten vol wanhoop en gruwel die we van hem gewend zijn, op het bizarre af: you’re an African doctor harvesting tear ducts, you believe in God, but you get no special dispensation for this belief now.’ De thematiek van de dood, Lazarus, aanklachten tegen een god, heftige gruwelen, niets hiervan is nieuw voor de muziek van Nick Cave. Zijn werk is altijd verbonden geweest met het donker, maar op Skeleton Tree klinkt het allemaal veel persoonlijker. De man die altijd verhalend schrijft over fictieve personages en werelden, lijkt je dichterbij zijn realiteit dan ooit te laten komen.

De zwaarte van nummers als 'Jesus Alone' wordt afgewisseld met iets lichter werk. 'Rings of Saturn' is nou ook niet bepaald vrolijk, maar uit het majeure karakter van de melodie spreekt iets meer hoop dan de doemscenario's die elders op de loer liggen. 'Girl in Amber' bevindt zich in het grensgebied. De onvermijdelijke eindigheid van het leven en het hopeloze gevoel van verlies staan centraal. De wereld draait niet meer, de telefoon gaat niet meer, enkel de plaat draait nog, ‘the song’s been spinning since 1984’. Het leven zal nooit meer hetzelfde zijn, maar het werk gaat door, lijkt de Australiër te zeggen.

De ruggengraat van het album is gebouwd op de benauwende elektronische composities van Warren Ellis. De piano van Cave staat in de scènes van One More Time With Feeling letterlijk centraal, op Skeleton Tree is dat niet anders. De spaarzame majeurakkoorden zetten de melancholische teksten kracht bij door het grote contrast. Op 'Anthrocene' hoor je The Bad Seeds op hun meest experimenteel. Avant-garde-percussie jaagt het nummer op, rijzende en dalende synths op de achtergrond maken het nog beklemmender en nog meer vervreemdend. Alleen de piano van Cave en de grillige achtergrondvocalen geven een klein beetje melodische structuur. 'I Need You' contrasteert weer flink met zijn voorganger, scenes in een supermarkt geven de tekst een veel alledaagser gevoel dan op een gemiddelde Nick Cave-plaat, maar de zanger zelf lijkt er ver vanaf te staan. ‘Nothing really matters when the one you love is gone.’, het nummer straalt een hulpeloos gevoel uit.

'Distant Sky' heeft een zalvende werking. De zwevende orgels, de engelachtige zang van de Deense sopraan Else Torp; de sfeer van het nummer doet de titel eer aan. Hemels, maar ver uit je grip verwijderd. Door de eenvoudige instrumentatie, een orgel over een trillende loop van een enkel strijkersakkoord, komen de stemmen van Cave en Torp des te harder aan. Zij, tergend mooi, hoog en warm. Hij, zacht en subtiel. Nergens is het verlies van Cave pijnlijker om naar te luisteren dan in de amper verhullende metafoor ‘they told us our dreams would outlive us, they told us our gods would outlive us. But they lied.’ Langzaam voegen de strijkers zich bij het geheel, om bij het slot aan te zwellen maar net voor de verwachte climax te verdwijnen. Titeltrack en slot van de plaat 'Skeleton Tree' heeft de meest conventionele structuur van het album. ‘And it’s alright now’, zingt Cave over een kabbelend bed van akoestische gitaar en een eenvoudig pianomotief. De plaat stopt vrij abrupt met een grove fade out. It’s alright now. Hij zingt het, maa het is moeilijk Cave te geloven.