De band Shearwater werd in 2000 opgericht door Jonathan Meiburg en Will Sheff om de zachtere, meer melodische liedjes, die voor hun andere band Okkervil River niet geschikt waren, ten gehore te kunnen brengen.
Het debuut van Shearwater, genaamd The Dissolving Room, werd in 2001 uitgebracht. Op dit album speelde de ex-vrouw van Meiburg, Kim Burke, voor het eerst mee. Korte tijd na het verschijnen van dit album voegde drummer en vibrafonist Thor Harris zich bij de band.
In mei 2006 bracht Shearwater hun vierde studioalbum uit, genaamd Palo Santo. Dit was de eerste van een drieluik samen met de albums Rook (2008), en hun zesde studioalbum The Golden Archipelago (2010). Dit jaar kwam de laatste Shearwater cd uit: Animal Joy.